氣調庫作為一組特殊的建筑物，其結構既不同于一般果品冷藏庫，也不同于一般民用和工業建筑，應有嚴格的氣密性、安全性和防隔熱性。氣調庫是在傳統果蔬冷庫的基礎上逐步發展起來的，與一般的冷庫有著許多共同之處，又有很多不同點。一般恒溫庫所具備的設備氣調庫也都有，只是有所不同罷了。
其不同點主要表現在以下幾個點：
1、氣密性
普通冷庫對氣密性沒有什么要求，而對氣調庫來說氣密性則至關重要，要想在氣調庫內形成氣調工況，氣調庫必須有嚴格的氣密性。只有氣密性合格，才能保證庫內氣體成本的穩定，才能達到氣調貯藏的技術要求。
2、安全性
由于氣調庫是一種密閉式冷庫，庫內溫度的波動，能使庫內外產生很大的差壓，因此要求氣調庫有良好的圍護結構和承重結構以及安全設施才能保證氣調庫的正常運轉。由于管理不當或庫體安全設施失靈，造成庫體坍塌破壞的情況國內外都有發生。
3、單層建筑
由于果蔬在庫內運輸、堆垛和貯藏時，地面要承受很大的動、靜載荷，如果采用多層建筑，一方面氣密處理十分輔助，另一方面在氣調庫使用運行中易破壞氣密層，所以現在的氣調庫絕大多數采用單層建筑。
4、庫房利用率高
庫房利用率一般用容積利用系數表示。該系數是指氣調庫內果蔬貯藏時實際占用的容積與氣調庫的公稱容積之比。氣調庫入庫時有較大的裝貨密度，除留出必要的檢查、通風通道外，盡量減少氣調間的自由空間。這樣做不僅貯藏費用低，而且調氣時，果蔬能較快地進入氣調狀態。庫房利用率與庫房結構，庫房大小，長寬高尺寸，包裝方式甚至貯藏品種等多種因素有關。
5、壓力平衡
為保障氣調庫的安全運行，必須保持庫內壓力的相對平衡。這種壓力平衡的調節靠兩個設備來完成，即緩沖氣囊和壓力平衡閥。壓力平衡閥是一個安全裝置，內通氣調庫，外接大氣，中間用水封隔開。
6、速進整出
氣調貯藏要求果蔬入庫速度快，盡快裝滿封庫和調氣，在盡可能短的時間內進入氣調狀態。出庫時也要盡量做到一次出完或在短期內分批出完，否則，頻繁開庫門，庫內的氣體指標變化大，增加運行費用，影響貯藏效果。
7、圍護結構
氣調庫的圍護結構主要由墻壁、地坪、天花板組成。要求具有良好的氣密隔熱、抗溫變、抗壓和防震等功能。
8、其他設施
氣調庫的特殊設施還包括氣密門、取樣孔等部分。其中氣密門為一具有彈性密封材料的推拉門，可以自由開閉，氣密性良好。在門的中下部開一取樣孔，又稱觀察窗，窗門之間由手輪式扣緊件連接，彈性材料密封，中間為中空玻璃，用來進行觀察或取樣，也可以供操作人員進出或小批量出貨。
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